A kapucinusok a Habsburg uralkodók által támogatott ellenreformáció idején, a 17. század végén telepedtek meg Pozsonyban. Mivel eleinte se templomuk, se rendházuk nem volt, a Mihály utcai Szent Katalin kápolnát kapták meg használatra.
A Pozsony egykori északi városfala közelében, korábban mocsaras területen elhelyezkedő mai templom építése 1708-ban kezdődhetett meg Eleonóra Terézia grófné adományának jóvoltából. (E bőkezű adományról a templomban német nyelvű emléktábla is megemlékezik.) Az elkészült egyhajós, nyeregtetős templomban az első szentmisét Keresztély Ágost esztergomi érsek celebrálta 1709-ben. A templomhoz nyugatról kapcsolódó, téglalap alaprajzú, zárt udvart közrefogó kolostor építését 1711-ben kezdték el. Az egy emeletes, nyeregtetős, egyszerű, dísztelen homlokzatú kolostort 1717-ben szentelte fel Erdődy László nyitrai püspök. Ezt 1727-ben a Kecske utca felé kibővítették, a szentély mellé pedig új könyvtártermet építettek. 1735-ben a templom alapja megsüllyedt, így az épület komoly károsodást szenvedett, egy időre használhatatlanná is vált, így mind a templomot, mind a kolostort újjá kellet építeni. Ennek 1737-es befejezésével egy időben készült el a templom hatalmas barokk főoltára, amely védőszentjét, a koronát (és egyben az országot) Szűz Máriának felajánló Szent István királyt ábrázolja, fia, Szent Imre társaságában. A főoltár Berthold kapucinus atya munkája. Az ugyancsak 1737-ből származó, Assisi Szt. Ferencet és Páduai Szt. Antalt ábrázoló mellékoltárok képeit a Donner-tanítvány Anton Karl Rosier festette. A hajóban további barokk oltárok találhatóak.
1779-ben új padokat kapott a templom. Az 1819-24-ben épült a karzat, rajta az új orgonával. A templom mai, romantikus, neoromán ill. neogót stílusú külső képét az ifjabb Feigler Ignác pozsonyi építész tervei alapján, 1860-61-ben lezajlott átépítése nyomán nyerte el. (A bejárat mellett elhelyezett, latin szövegű tábla chronosztikonjából az 1860-as évszám olvasható ki.) A főhomlokzaton, a bejárat fölötti szoborfülkében lévő Szent István kőszobor Anton Brandl alkotása.
A templom előtt 1725-ös, barokk Immaculata oszlop áll.