A vár körül kialakult korai Váralja település régi házaiból a történelem viharai, természeti katasztrófák, de leginkább az 1960-as évek barbár csehszlovák „városfejlesztése” (az új Duna-híd és az ehhez vezető gyorsforgalmi út kialakítása miatti tömeges épületbontások) miatt mára csak mutatóban maradt meg néhány. Ezek egyike a 14. század közepén, eredetileg gótikus stílusban épült, egyhajós, keletelt tengelyű, poligonális szentélyzáródású Szent Mihály templom, a ma álló épület elődje. E templomot szűk 200 évvel később, a 16. század közepén, a hirtelen megjelenő török katonai veszélyre tekintettel – több más várajlai társával együtt – lebontották annak érdekében, hogy a pozsonyi vár jobban védhető legyen. Mai alakjában való újjáépítésére 1661-ben került sor. Ekkor a területet birtokló Pálffy Pál nádor felesége, Khuen Franciska költségén, a korábbi alapok felhasználásával, így az eredetivel azonos méretben, de immár korai barokk stílusban építették meg. A nyereg tetős, cseréppel fedett templom nyugati homlokzata oromfalas, itt emelkedik tetőgerince fölé egy kis, négyzetes harangtornya, hagymasisakkal. Déli homlokzatának közepén díszesen faragott kőkeretes kapu nyílik, fölötte a kőből faragott Pálffy-címerrel, fölötte pedig a templom védőszentjének szobrával. Ez az egyetlen bejárat a templomtérbe. Szentélyéhez északon sekrestye kapcsolódik.
A 18. század közepén több alkalommal hajtottak végre kisebb átalakításokat rajta, melyek többnyire annak belső terét érintették. Erre utal a bejárati ajtón olvasható 1744-es évszám is – bár az átalakítások hosszabb időt vettek igénybe. Ekkor készültek a templom gazdag barokk oltárai. A szószék Peter Brandenthal munkája. Ugyanezen időszakban készült a templomhajó alatti, nagy méretű kripta is. (Ezt sajnos később, a 20. század második felében feltörték, a koporsókat szétzúzták, az emberi maradványokról nem is szólva…)
1913-ban a Várhegy oldalában húzódó egész városnegyed leégett, de a templom csodával határos módon szinte teljesen megmenekült. 1936-ban az ekkor alakult pozsonyi görögkatolikus közösség használatába került az épület. Az 1945-ben háborús sérüléseket is szerzett templomot még ez a felekezet javíttatta ki. 1950-ben, a csehszlovák kommunista államhatalom – szovjet mintára – erőszakkal felszámolta a görögkatolikus egyházat, vagyonát pedig – közte ezt az épületet is – a pravoszlávoknak adták át. Ma is az ő kezükben van az erősen elhanyagolt képet mutató építmény. Állagán sokat rontott a környező épületek tömeges elbontása és az ezek okán fellépett statikai problémák szakszerűtlen kijavítása is.