A templom gótikus, karcsú, keletelt épület poligonális (sokszögzáródású) szentéllyel. A 14. század első felében építették a korábbi ciszterci templom helyén (vitatott, hogy a korábbi templom mennyire pusztult el, netán részben átépítés volt). Délnyugati sarkán álló, támpillérekre épült ötszög alaprajzú, kősisakos tornya a 15. században készült el. Az egykori kolostor keleten csatlakozik a szentély északi részéhez. A kolostort a 17. században átépítették, erről tanúskodik reneszánsz kapuzatán az 1640-es évszám Pázmány Péter és Lósy Imre esztergomi püspökök nevével.
Bár a templom és a rendház a klarisszák (a ferences rend „női ága”, alapította Assisi Szent Klára, kezdetben damjanitáknak nevezték magukat, csak alapítójuk halála után vették fel a nevét) birtokában volt, Mohács után itt találtak menedéket a margitszigeti domonkos kolostor apácái, akik magukkal hozták Árpád-házi (csak 1943-ban szentté, de már 1276-ban boldoggá avatott) Margit földi maradványait. A hagyomány szerint az ereklyéket a rend 1782-es feloszlatása után befalazták a templom kriptájában, így azok ma is az épületben vannak.
1700-ban a tornyot földrengés rongálta meg, helyreállítására (neogótikus átépítésére) Schulek Frigyes irányításával került sor 1888-1889-ben. A 18. században a templom berendezését késő barokkra cserélték. Az egykori kolostort átalakították a jogakadémia és a katolikus gimnázium számára, melynek legnevesebb tanulói közé tartozott Bartók Béla (Az épület falán található tábla csak szlovák nyelven hirdeti: „Ebben az épületben tanult 1892-1899 között a kiváló magyar zeneszerző, Bartók Béla (1881-1945), a szlovák népdal nagy ismerője és tisztelője”) és Dohnányi Ernő.
1913 óta a templom és a rendház is városi tulajdon, hitéleti tevékenység nem folyik benne. A kolostor a Komensky egyetem könyvtára egyik részlegének ad helyet. A templom képtár és hangversenyterem, teljes felújításukra néhány éve került sor.