II. Rákóczi Ferenc és bujdosótársainak 1906. október 29-én hazahozott hamvait a dóm altemplomában helyezték el. Az altemplom lejárata a templom északi oldalán található, szűk lépcső vezet le. A lépcsővel szemben három szarkofág: a középső II. Rákóczi Ferenc, Zrínyi Ilona és Rákóczi József bronzkoporsóját rejti, a bal oldaliban Sibrik Miklós udvarmester, a jobb oldaliban gróf Esterházy Antal nyugszik. A lépcső lejáratától jobbra, Esterházy szarkofágja mellett gróf Bercsényi Miklós és második felesége, Csáky Krisztina nyugszanak. Az a gyászzászló, amit a menet élén vitt egy páncélos lovag az újratemetéskor, a lépcső aljánál tekinthetik meg a látogatók. A Rodostóból hazahozott sírköveket a kripta feletti Szent István-kápolna falában helyezték el. Az újratemetés évfordulóján minden évben koszorúk borítják el a sírokat. A szarkofágokat Andreotti Anzelm, és Franz Graf Mikula (1861-1926), a bécsi Udvar korábbi szobrásza tervezte és faragta.

Tisza István gróf miniszterelnök javaslatára Ferenc József 1904 áprilisában rendelte el II. Rákóczi Ferenc és bujdosó társai hamvainak hazahozatalát Törökországból.
“A magyar történelem kiváló alakjai közül egyedül II. Rákóczi Ferenc hamvai nyugosznak idegen földben, s e hamvaknak hazaszállítása a nemzetnek ismételten kifejezett közóhaját képezi. Hála legyen érte az isteni gondviselésnek: azok az ellentétek és félreértések, amelyek súlyosan nehezedtek elődeinkre hosszú századokon át, ma már egy végképp letűnt korszak történelmi emlékeit képezik” – állt Ferenc József király 1904. április 18-i uralkodói leiratában, melynek címzettje a magyar kormány feje, gróf Tisza István volt, s melynek zárása így hangzott: “Ennélfogva utasítom, hogy II. Rákóczi Ferenc hamvai hazaszállításának kérdésével foglalkozzon és erre vonatkozó javaslatait elvárom.”
Ferenc József a magyar vezetők régi kívánságának tett eleget. Az sem kerülte el figyelmét, hogy a terv politikai kockázattal egyáltalán nem, népszerűségnövekedéssel annál inkább járhat. Rákóczi személye nem volt számára ellenfél, s temetése – ellentétben Kossuthéval – hivatalos szintre emelkedhetett.
II. Rákóczi Ferenc 1735-ben, nagypénteken halt meg rodostói emigrációjában. Édesanyja, Zrínyi Ilona mellé temették el Isztambulban, a galatai jezsuita templomban, szíve pedig a Párizshoz közeli Grosbois-ba került. Nyugvóhelye nem ment feledésbe, de túlzás lenne azt állítani, hogy zarándokhellyé vált volna. A XIX. században, a Rákóczi-kultusz kibontakozásával egyre gyakrabban felmerült az újratemetés igénye. A Rákóczi-szabadságharc 1903. évi bicentenáriumát már országszerte megünnepelték, mintegy előkészítve a rehabilitációt és a hamvak hazahozatalát.
Az újratemetésre 1906 októberében került sor, amikor Magyarországon már nem a dualizmus korának meghatározó politikai ereje, a Szabadelvű Párt, hanem az ellenzéki koalíció volt hatalmon. Az esemény előkészítése azonban már a hatalomváltás előtt megkezdődött, tehát a Rákóczi-újratemetés nem csupán a “függetlenségi” koalíció érdeme volt, bár utóbb ez a vélekedés vált elterjedtté. Ki kell emelni, hogy mind az 1894-es Kossuth-temetés, mind az 1906-os Rákóczi-újratemetés idején Wekerle Sándor állt a kormány élén.
A fejedelem hamvaiért október 14-én öttagú bizottság utazott a török székvárosba Thaly Kálmán vezetésével, aki 1889-ben a sírok azonosításánál is főszerepet játszott. A koalícióhoz közel álló Thaly előtérbe kerülése nem véletlen: bár neve ma már inkább csak hamis kurucnótái révén ismert, egykor oroszlánrészt vállalt a széles körű Rákóczi-kultusz megteremtésében. Október 20-án az országgyűlés eltörölte a Rákóczit és a szabadságharcot megbélyegző 1715-ös határozatot, továbbá megszavazta az újratemetésről, és a felállítandó síremlék költségeiről rendelkező 1906. évi XX. törvényt.
1906. október 27-én Orsovánál – ahol annyi emigráns hagyta el a múltban az országot – magyar földre értek a fejedelmi ereklyék. A fogadóbizottság négy különvonatnyi előkelőségből állt, akiknek Thaly büszkén jelentette be: “Átadom a szent hamvakat a magyar kormánynak.” II. Rákóczi Ferenc földi maradványai mellett ekkor tértek haza fia, Rákóczi József, édesanyja, Zrínyi Ilona, egykori társai közül pedig gróf Bercsényi Miklós, Sibrik Miklós és gróf Esterházy Antal hamvai, továbbá a Nikomédiában exhumált gróf Thököly Imre koporsója is. Az országhatártól a fővárosig, hasonlóan a tizenkét évvel korábbi Kossuth-temetéshez, a hamvakat szállító szerelvényt mindenütt ünneplő tömeg fogadta. Szerte az országban, különösen a Rákóczi-kultuszhoz kötődő településeken emlékmáglyák, úgynevezett Rákóczi-tüzek gyúltak.
Bár a végső cél nem Budapest, hanem Kassa, illetve Késmárk volt, az ünnepségsorozat tetőpontja egyértelműen a fővárosban volt. Október 28-án reggel fél kilencre ért be a vonat a Keleti pályaudvarra, ahol a fogadóünnepséget a főváros új polgármestere, Bárczy István vezette. A koporsók gyászhintókra kerültek, majd a díszmagyarba öltözött előkelőségek és a Rákóczi-kort megjelenítő, Szendrei János történész koreografálta díszmenet a Kerepesi úton és a Károly körúton át a Deák térre vonult.
Ezt követően Rákóczit és társait a Szent István Bazilikában, Thökölyt pedig a Deák téri evangélikus templomban ravatalozták fel. Mindkét templomban gyászmisét celebráltak, melyen megjelentek a képviselők, a főrendek, a tudományos közélet vezetői, a fővárosi elöljárók, valamint az újratemetett emigránsok leszármazottai is. Este a hamvakat újabb díszmenet kísérte vissza a pályaudvarra. Október 29-én reggelre ért a különvonat a Felvidékre. Rákóczi, Bercsényi és a többiek temetése még aznap lezajlott a kassai dómban, másnap pedig Thökölyt is végső nyugalomra helyezték a késmárki új evangélikus templomban.