A mai templom és rendház helyén a 15. században a Királyi Ház (Curia Regia) állt, 1460-ban és 1478-ban Hunyadi Mátyás, 1528-ban Szapolyai János király szállt meg benne. 1554-től a felső-magyarországi főkapitányok háza, a királyi kamara székhelye volt. Lakott benne Bocskai István, Bethlen Gábor, I. Rákóczi György is. A rekatolizáció kezdetén, a 17. század elején itt volt a jezsuita misszionáriusok lakóhelye és kápolnája. 1619. szeptember 6-a éjszakáján véres események történtek. I. Rákóczi György erdélyi fejedelem hajdúi halálra kínoztak három kassai missziós pátert. A mártírhalált halt Pongrácz Istvánt, Grodecz Menyhértet és Körösi Márkot később szentté avatták.
Báthory Zsófia (1629-1680), II. Rákóczi György fejedelem felesége, férje halálát követően 1661 áprilisában fiával együtt rekatolizált. Vakbuzgó híve lett mind a katolikus vallásnak, mind a jezsuita rendnek. Fia, I Rákóczi Ferenc választott erdélyi fejedelem, Zrínyi Ilona férje életének – a Wesselényi-összeesküvésben való részvételéért – a jezsuiták hathatós közbenjárására az uralkodó, I. Lipót császár megkegyelmezett.
A kegyelemért a Rákóczi birtokokra mérhetetlen terheket róttak ki. Munkácsot és néhány – Zrínyi Ilona jegyajándékaként lekötött várat kivéve – a városok, várak többségébe császári katonaságot szállásoltak be. Mindezeken túl a Fejedelemasszony hálájától és vallási meggyőződésétől vezettetve Loyolai Szent Ignác rendjének a „Szentháromság”-nak felszentelt templomot építtetett, a híres római „II Gesu” mintájára, magára vállalván annak is minden költségét. A templom egybeépült a jezsuiták egykori átépített rendházával és kollégiumával, melynek falai között jezsuita iskola, majd egyetem (1657) működött. A két torony között, latin nyelvű feliratban örökítették meg az építtető Báthory Zsófia nevét és emlékét. A bejárati kapu felett a Báthory és a Rákóczi család összevont címere látható.
A főoltáron helyezték el a templom legértékesebb műalkotását, egy elefántcsontból faragott feszületet. A templom karzatai alatt összesen hat kápolnát alakítottak ki, melyekből hármat Loyolai Szent Ignác, Xavéri Szent Ferenc és Gonzaga Szent Alajos jezsuita szentek tiszteletére szenteltek fel. A Loyolai Szent Ignác kápolnában az oltárképen a Lelkigyakorlatok egyik alaptétele olvasható. A templom jobb oldalán, hat finom faragású, fából készült főpapi szék, baloldalt pedig hársfából kifaragott, I. Rákóczi Ferenc halálára emlékeztető sírtábla látható, a fejedelem koronás alakjával. Belső mezőjén a Rákócziak címere kapott helyet, a tábla szélét hadi jelvények és felszerelések reliefjei díszítik. A címert övező keret latin nyelvű feliratának magyar fordítása: „Rákóczi Ferenc úr Őfelsége, Isten kegyelméből Erdély választott fejedelme, a magyarországi részek (Partium) ura, a székelyek ispánja, Sáros vármegye örökös főispánja és örökös grófja, jámbor halállal múlt ki az Úr 1676. esztendejében július 8-án, életének 31. évében.”
Viszontagságos útja volt I. Rákóczi Ferenc hűlt tetemének, mire végső nyugalomra lelt az épülő templom kriptájában. A váratlan haláleset mérhetetlen gondot rótt a váratlan özvegységre jutott Zrínyi Ilona fejedelemasszonyra. Gyámi jogainak elismertetése mellett az uradalmak irányításának gondja is a nyakába szakadt, fia nagykorúságáig, ha nem is személyesen, de el kellett látnia a főispáni tisztségből adódó kötelezettségeket, és nem utolsó sorban elhalt férje rangjához illő temetésről kellett gondoskodnia. A végtisztesség méltó megadása, a temetési ceremónia előkészítése időigényes és rengeteg pénzt emésztett fel. Kölcsönökből fedezte a birtokok tisztségviselőinek gyászruháihoz szükséges szövetet, gyertyák, szövétnekek tömkelegét hozatta, megrendeltette a gyászlobogók elkészítését. Meg kellett íratni a gyászbeszédet, megterveztetni a díszes ravatalt, a „castrum dolorist”. A rokonok, a felső-magyarországi nemesség, az országos főméltóságok részére is elkészültek a végtisztességre invitáló meghívók. A temetést azonban el kellett halasztani, mivel a birtokokat, köztük a határ közeli Zborót mind Erdély, mind Lengyelország felől felkelő csapatok veszélyeztették.
A holttestet a Zboró felett magasodó makovicai vár „hideg boltjában” kellett tartani, mivel nem merték kitenni a gyászmenetet és kíséretét a hadak járásának. 1677 nyarára sikerült elérnie, hogy Sáros vármegye protestáns nemessége megfelelő fegyveres kísérettel biztosítsa a gyászszekér útját Kassáig. Kazinczy Péter a család hű embere és jogtanácsosa még augusztus 4-én is aggódó levelet küld mindkét fejedelemasszonynak. Zrínyi Ilona és Báthory Zsófia közösen döntötték el: erős fegyveres kísérettel lehozatják Erdély választott fejedelmének, Sáros vármegye főispánjának tetemét, hogy 1677. augusztus 18-án, halála után több mint egy év elteltével végre megadhassák számára a végtisztességet a még épülő plébániatemplom beszentelt kriptájában.
Alig négy év elteltével 1680. június 14-én Báthory Zsófia, II. Rákóczi György erdélyi fejedelem özvegye, dicső családjának utolsó sarja is elhunyt Munkács várában. A nehéz természetű fejedelemasszonyt megpróbálta a sors. Halálakor mindössze 51 éves volt. Végrendeletéből, melyet jezsuita gyóntatója és bizalmasa a Báthory kincsek jezsuiták felügyelete alá helyezése érdekében meghamisított, országos botrány kerekedett, melynek megnyugtató rendezése érdekében a bécsi udvar egyházi és világi főméltóságai is kénytelenek voltak állást foglalni. Végtisztességének megadása talán ebből következően nála is váratott magára. A temetési szertartásra – melyre rangjának és tekintélyének okán minden világi és egyházi főméltóság hivatalos volt -, csak 1681. március 16-án kerülhetett sor. Az általa alapított Szentháromság temploma építési munkáinak befejezését nem érhette meg. A gyászbeszédet Kis páter jezsuita tartotta, melynek szövegét még az előző évben, 1680-ban Nagyszombatban ki is nyomtatták. Unokájához, különösen a Rákócziak és Báthoryak vérét magában egyesítő, nevüket továbbvivő későbbi Nagyságos Fejedelemhez szoros szálak fűzték. Évtizedekkel később „Emlékiratai”-ban II. Rákóczi Ferenc így emlékezik meg róla: „…szent életű volt… halálára úgy emlékszem, mint valami álomra.” A szűkszavú emlékezésnél többet árul el kötődésükről, hogy a Báthory Zsófiától kapott medált haláláig megőrizte, magánál tartotta, azt hamvainak feltárásakor koporsójában megtalálták.
Az 1681-ben elkészült templom színpompás, igazi kora barokk alkotás, melynek belső terét a következő évszázadban tovább alakították és szépítették. A jezsuiták idején a templom Kassa vallásos életének központja volt, itt működtek a Mária Kongregációk, a Vérrel verejtékező Krisztus-, Fájdalmas Szűz-, és Szent Kereszt Társulatok, valamint Komáromon kívül az egyedül itt létrehozott Xavéri Szent Ferenc Társulat. A jezsuita rend betiltása után 1811-ben premontrei kanonokrend kapta meg a templomot.
A mai főoltárkép jelenetét melyen „A Szentháromság a mennybe fogadja Szűz Máriát”, 1854-ben festette Pesky József (1795-1862). A templom falfestése korábbi, 1796-ból származik, Erazmus Schrött (1755-1804) alkotása. Érdekessége, hogy hagyományos, jezsuita perspektivikus, illuzórikus stílusban készült, freskói jóvoltából a csillár nélküli mennyezet szinte a végtelenbe nyílik. Értékesek az oldalsó kápolnák festett oltárai, valamint a szószék, a padok és a beltér egyéb részeinek kifinomult fafaragásos díszítései is.