1911. szeptember 19-én, a zsidó újévre szentelték fel a nyitrai neológ zsinagógát, amelyet a helyi zsidó közösség Baumhorn Lipót (1860-1932) tervei alapján építtetett. A neves építész több zsinagógát is tervezett a Magyarország területén, az ő alkotása például a szegedi és az újvidéki a losonci, temesvári vagy a trencséni zsidó imaház.
Amikor a nyitrai zsidó közösség a bizánci és mór stílust ötvöző, pazar díszítésű zsinagógát emeltette, már a helyi népesség huszonkét százalékát képezte – a városnak a századforduló után mintegy 17 ezer lakosa volt, ebből 3600 zsidó. A zsidók társadalmi befolyása a számarányuknál is jelentősebb volt, jelentős részük ugyanis kereskedelemmel foglalkozott. Épp ez a réteg szorgalmazta a kevésbé szigorú neológ irányzat terjedését és az új zsinagóga építését. Az épület alapkövét 1910. július 12-én tették le, a munkálatok csak egy évig tartottak. Ebben a város központjában emelt szentélyben a rabbi már nemcsak héberül, hanem magyarul és németül is szólt a gyülekezethez, a hívők együtt énekeltek és a nők elvegyülhettek a férfiak között. Baumhorn Lipót impozáns, 16 méter magas kupolát tervezett Nyitrára, a 620 négyzetméteres épületben 500 ember fért el. A templom építését nagy részben Engel József nagyvállalkozó és felesége finanszírozta, de jelentősen hozzájárultak más zsidó családok is, nevüket a bejárat melletti tábla őrzi. A korabeli felfogás szerint a zsinagóga nemcsak imaház volt, hanem iskola, közösségi hely és a fontos döntések meghozásának színtere is, ahol a hitközség tiszteletnek örvendő tagjai tanácskoztak. A nyitrai zsidók csak hat évtizeden át használták a zsinagógát, az utolsó istentiszteletet a hetvenes évek elején tartották az épületben. Ekkor már a hajdan többezres közösség lélekszáma annyira megfogyatkozott, hogy nem tudta fenntartani az imaházat. 1938-ban, a bécsi döntést követően, 4443 zsidót tartottak számon a városban, közülük 95 család 210 tagját telepítették ki az elcsatolt területekre, olyanokat, akik nem tudták igazolni szlovákiai illetőségüket. Ezt követte a zsidó tulajdonú vállalkozások felszámolása, Nyitrán összesen 537 céget szüntettek meg és 269-et arizáltak – utóbbiak éves forgalma 184 millió szlovák korona volt. A haláltáborokba való elhurcolások 1942. március 26-án kezdődtek – akkor 22 fiatal férfit vittek el. Őket követte március 30-án 121, 16 és 30 év közötti nő, majd áprilisban három tehervonattal összesen 3000 embert deportáltak. Bútoraikat és értéktárgyaikat a Zobor alatti kaszárnyában árverezték, a Pár utcai zsidónegyed kiürült. Az utolsó vagonok 1942 októberében indultak el a nyitrai vasútállomásról – fél év leforgása alatt összesen 3457 zsidót hurcoltak el a városból, és alig tíz százalékuk tért vissza.
Ma Nyitrán mintegy 25 fős zsidó hitközség működik, de voltak évek, amikor annyian sem voltak, hogy istentiszteletet vagy temetést végezzenek külső segítség nélkül. A hitközség 1983-ban adta át a zsinagógát a városnak. A felújítás húsz évig tartott és 780 ezer euróba került, először a tetőburkolatot cserélték le, majd a belső tereket és a homlokzatot hozták rendbe. A geometrikus és növényi motívumokat ábrázoló díszítést meghagyták, a belső csarnok függőcsillárjai is az eredeti világítótestek másolatai. 2003-ban nyílt meg a nyilvánosság előtt, ma kizárólag kulturális célokat szolgál, koncerteket és kiállításokat rendeznek benne. Otthont ad a Zsidó Kultúra Múzeuma több állandó kiállításának:
• Szlovákiai zsidó sorsa
• Shrag Weil kiállítása (jelentős izraeli művész, Nyitra szülötte, a város díszpolgára)