Az újkori Felső-Magyarország fontos, erődített városának számító Érsekújvárba zsidók csak 1840 után költözhettek. Ezelőtt csak kereskedhettek, vásárokon vehettek részt, de éjszakára nem szállhattak meg a falakon belül. A 19. század második fele itt is a zsidóság jelentős számbeli gyarapodásának időszaka volt.
Érsekújvárott két zsinagóga volt,az egyik 1859-ben épült, a nem sokkal korábban megépült budapesti Dohány utcai zsinagóga stílusában. Röviddel azután annyira fellángoltak a belviszályok a konzervatív judaizmus és a reformisták között, hogy az akkori magyar kultuszminiszter 1868-ban összehívott egy zsinatot (amely Nagymihályon ülésezett két évig) azzal a céllal, hogy békét teremtsen. De nem lehetett, mert az ortodoxok makacsul ragaszkodtak a régi előírásokhoz, a reformisták pedig modernizálni, nyitni akartak. A sikertelen zsinat után szakadás történt: az ortodoxok kiváltak, hogy megtarthassák a régi szokások szerinti törvényeket és előírásaikat, amelyeknek pedig nem feleltek meg a Dohány utcai mintájára épített zsinagógák, mert az ún. almemornak – az asztalemelvénynek, ahonnan a Bibliát, a szentírást, Mózes öt könyvét felolvassák – az épület közepén, a bejárat és a frigyszekrény között kellett lennie. Ennek az előírásnak az az értelme, hogy minden jelenlevőnek – függetlenül helyétől – egyforma lehetősége legyen hallgatni az Ige szavait. A neológok viszont előrehelyezték, hogy mindenkinek arccal legyen. Mivel ezt az öregek nem fogadták el, a különválás mellett döntöttek. Egy ideig kisebb imatermük volt, kissé beljebb, ugyanazon a telken, ahol a jelenlegi zsinagóga áll, majd 1880-ban megépítették a zsinagógát .
Az érsekújvári zsidóság döntő többségét az 1938-ban újra Magyarországhoz csatolt városból, az itt kialakított gettóból 1944. júniusában két transzportban Auschwitzba szállították, ahol többségüket megölték. A város neológ zsinagógája a háború idején egy bombázásban jelentősen megsérült. A háború után maradványait lebontották. Az ortodox zsinagóga épségben maradt,de a háború nyomait máig magán viseli – a padló olajfoltjai emlékeztetnek rá, hogy a németek garázsnak használták. A háború után, amikor a zsidók csekély számban visszatértek, hatályba lépett a Szlovák Nemzeti Tanács 1946-ban kiadott törvényerejű rendelete, mely szerint egybevonták a neológokat és az ortodoxokat. Miután gyülekezete elveszett, az épület elhanyagoltan állt évtizedekig.
A puritán kinézetű, kétszintes, karzattal ellátott, téglalap alaprajzú épület főhomlokzata hármas tagolású. Belül az épület két hosszabb és egy rövidebb oldala mentén öntött vas oszlopokon nyugvó karzat áll: a nők helye. A zsinagóga eredeti berendezése máig megőrződött. Középen a tóra olvasására szolgáló, kiemelkedő pódiumot, a bimát találjuk. Legszebb képzőművészeti alkotása az Aron Hakodesk, a szent frigyláda helyisége. A zsinagóga belső falfelületeit festmények díszítik. Az épület szellőzőberendezéssel is rendelkezett, ennek réz rácsai a mennyezeten ma is láthatóak.
A bejárat feletti héber felirat „V’chejle lohem i’mikdos mar l.p.k.”, értelme: Ez szolgáljon részetekre kisszentélyt. A betűk számértékének összege a zsinagóga első felújításának és nagyobbításának 5660. évét, a polgári időszámítás 1900-nak megfelelő évszámot adja. A zsinagóga 6 méterrel volt meghosszabítva, mivel üllőhelyeinek száma cca 80-al növekedett. Ugyanakkor az almemor is át lett helyezve 3 méterrel, hogy központi elhelyezése továbbra is megfeleljen a Sulchan Areuch előírásainak.
A zsinagóga legutóbbi felújítása 1991-1995 között történt kizárólag a mai maradék hitközség erejével és költségén. A város történelmi és műemlékvédelmi szempotból is jelentős épülete lett így megmentve a további idők számára. Az ablakok eredetileg színes üvegezésűek voltak, szimbolikus Dávid csillag és tízparancsolat tábla motívumokkal. A bombázások idején megrongált ablakmozaik eredeti formájában való rendbehozása a mai kisszámú közösség erejét és anyagi lehetőségeit meghaladja. Az előcsarnokban – a pulisban – falba ágyazva az a márványtábla található, amely egykoron a már nemlétező 1859-ben épült és a bombázás által elpusztított neológ zsinagóga bejáratát díszítette „Lépjétek át az igazság kapuját” felirattal.
Az épületben, illetve azon kívül több emlékhely is látható. A zsinagógán belül 19 táblán a holokauszt városi áldozatainak nevei olvashatóak, külső falán emléktábla található, melyet 1992-ben a Szlovák Köztársaság Kulturális Minisztériuma adományozott az Érsekújvárról elhurcolt 4386 áldozata emlékére. Hasonló emléktáblák voltak elhelyezve az ország 12 városában, a 13-ik a Jeruzsálemben a Yad Vashem-ban (a Holokauszt Áldozatainak és Hőseinek Izraeli Emlékhatósága) van elhelyezve.
A zsinagóga melletti felújított valamikori Bet HaMidrash épületében ma télidőben használt imaterem és kultúrhelyiség is működik. A külső falon a Szlovakiai Keresztények es Zsidók Társasága kezdemenyezésére szlovák nyelvű emléktábla van elhelyezve Raoul Wallenberg a háború alatt Budapesten tevékenykedő svéd diplomata emlékére, kinek több Érsekújvári zsidó is köszönheti megmenekülését. A tábla 1997 július 7-én, Wallenberg halálának vélhető 50. évfordulóján volt leleplezve.
A zsinagóga épületét 1991-ben védett műemlékké nyilvánították.