Eperjes neve összefonódott a magyar történelem egyik legszomorúbb emlékével, a Caraffa tábornok által 1687-ben felállított vértörvényszék kegyetlen vérengzésével.
A megtorlás politikai hátterét a Habsburg dinasztia terjeszkedési szándéka adta. A török elleni háború győzelmes kimenetele már biztosnak látszott, a felszabadult területeken azonban bizonyos függetlenségi törekvések jelentkeztek. Thököly híveinek megbüntetésének és a térség megfélemlítésének feladatával I. Lipót császár a nápolyi családból származó gróf Caraffa (olaszosan Carafa) Antal tábornokot bízta meg.
Caraffa 1687 februárban érkezett Eperjesre. Bezáratta a kapukat, ostromállapotot hirdetett és kezdetét vette egy féléves vérfürdő. A vád alá helyezett személyek főleg gazdag, protestáns, tekintélyes nemesek és polgárok voltak, akiket kuruc összeesküvés vádjával kínvallatásoknak vetettek alá. Az eszköztárban szerepeltek a spanyol és olasz inkvizíció válogatott találmányai, és a hamistanúk által koholt vádak felsorakoztatása. A kivégzések március 5-én kezdődtek, és a lehető legkegyetlenebb módon hajtották végre, mindezt Caraffa a vérpaddal szemközti ház erkélyéről nézte végig. Az áldozatoknak a hóhér és segédei levágták a jobb karjukat, majd a fejüket, ezt követően felnégyelték a testüket, amelyeket aztán keresztekre felszögeltek. A kiömlő vér és a szétkenődött zsigeri maradványok kóbor kutyák martalékáivá váltak. A kezdeti brutális gyakorlat később némileg megenyhült, a vádlottakat csak egyszerűen lefejezték, és bizonyos váltságdíj fejében a hozzátartozók a holttestet eltemethették.
A példátlan kegyetlenkedések országos felháborodást váltottak ki. Amikor a pozsonyi országgyűlésen, az egyik váltságdíj ellenében szabadon engedett áldozat megmutatta a testén a kínzások nyomait, a küldöttek követelésére I. Lipót császár kénytelen volt a vizsgálatot leállítani. Caraffa november 16-án elhagyta a várost, az áldozatok amnesztiát kaptak, az árvák visszakapták vagyonaikat. A vérpad helyére a jezsuiták 1751-ben egy Mária-oszlopot emeltek, ami a mártírokra is emlékeztetett.
1905-ben Mayer Ede kezdeményezésére közadakozás indult, egy emléktábla elhelyezésére az áldozatot tiszteletére. Két évi gyűjtés után Markup Bélát bízták meg egy két méter magas kőből készítendő emlékmű kifaragásával. A dombormű a szadista tábornokot ábrázolja, mellette a csuklyába bújt hóhér látható. Alatta egy márványtáblára az áldozatok neveit vésték fel.
A felállítást 1907-re tervezték, de csak 1908. június 11-én került sor az ünnepélyes avatásra, amelyről a Vasárnapi Újság is megemlékezett.
1930-ban a szinyei katolikus templomban restaurálás közben rábukkantak négy eperjesi mártír holttestére, akiket a vérengzés ideje alatt a rokonok titokban ide menekítettek. Keczer András, Radvánszky György, Bertók János és Palásthy György vértanúk földi maradványait 1930. november 12-én ünnepélyes keretek között újratemették az eperjesi evangélikus templomban.
II. János Pál pápa 1995-ös szlovákiai útja alkalmával Eperjesre is ellátogatott, ahol július 2-án fővetéssel tisztelgett az áldozatok emlékműve előtt. Ez a szimbolikus gesztus a katolikus egyház bocsánatkérésének tekinthető.