A 14. század második harmadában már bizonyosan állt Bős (egykori) temploma.
„Voltak valaha ennek a templomnak dicső és kiváló kegyurai, elsősorban bizonyos Margit, aki előkelő vérből származott. Ő emelte egykori romjaiból (a templomot), újjáépíttette és miután az idők viszontagságai következtében a hosszan tartó elhagyatottság folytán nem volt meg többé, hogy melyik szentnek a tiszteletére épült, saját védőszentje, Szent Margit szűz és vértanúnak ajánlotta és szenteltette” – írja Huszár János plébános (1885–1902), krónikaíró az egykori anyakönyvi bejegyzésekre és vizitációkra alapozott historia domusban.
1648-ban „Petczl Orsolya méltóságos asszony, Amade Bernát méltóságos úr, Magyarország helyettes nádorának özvegye restauráltatta másodszor ezt a templomot és épitette hozzá a tornyot.”
1670-ben a kegyúr, az Amadé család restauráltatta. 1750-ben „(a plébánia) kerítéssel ellátott ház, teljes egészében javításra szorul, ez éppen úgy, mint a tanítói ház.” Az 1770-es években Várkonyi Amadé Tádé gróf a templomot barokk stílusban teljesen átépítetteti. Ekkor készül el többek között a barokk-klasszicista Szűz Mária-mellékoltár, a későbarokk főoltár architektonikus kerete, valamint Nepomuki Szent János útmenti szobra is.
1780-as években újjáépül a templom főhajója és a torony is.
Az 1866-os tűzben leég a templom zsindelyes tetőzete, ezért is az „1884. évben a templom egészen renováltatott”, illetve  neobarokk kápolnával és sekrestyével bővítették.
1903-ban új orgona kerül a templomba, amelynek építője a pozsonyi orgonagyáros, Mozsny Vincze. Az orgonát főt. Glöckl Ignác alesperes, dercsikai plébános benediktálja. Rá egy évire teljesen renoválják a templom tornyát, a szentélyt, a sekrestyét és az oratóriumot.
Ekkor készül el az érsekújvári Székházy Teodor három freskója: a Szűz Mária megkoronázását, a Golgotát (Munkácsy Mihály művének másolatát) és a diadalíven látható Jézus a gyermekek között címűt ábrázoló. A felújított templom megáldását Vázsonyi József dunaszerdahelyi alesperes végzi, fényes egyházi segédlettel. Az ünnepségen jelen van a kegyúr, gróf Üchtritz Amade Emil nejével és fiúkkal.
1929-ben helyére kerül a templom főoltárán az Antiochiai Szent Margitot ábrázoló festmény, amely Michal Fay nyitrai festőművész munkája.
1965–66-bn a templom belső terét felújítják, s az 1970-es években Bős szakrális kisemlékeit addigi helyükről a templom köré csoportosítják.
1989-ben befejezik a templom új, külső vakolását, a tetőfedését és a toronysisak rézzel való beborítását, majd az 1990–2000-es évek elején a templom belső terét, majd orgonáját is felújítják.