Szepeshely szerepe vallási szempontból (is) kiemelkedő, a Szepesi egyházmegye központja.
A település a 11. században jött létre egy bencés kolostortól nem messze. Magyarország területén egyedül álló egyházi városka volt, két kiemelkedő építészeti jelleggel bíró épülettel – a püspöki palotával és a székesegyházzal –, valamint egyetlen utcácskával, a kanonoksorral.
Már 1140-ben állt itt egy román templom, majd az 1200-as években megtették a szepesi prépostság székhelyéül. Ekkor kezdték építeni a jelenleg is álló kéttornyú székesegyházat. A nagyszabású munkálatok 1232-től 1275-ig folytak. A hatalmas, háromhajós bazilikát az évszázadok során többször is kibővítették, átalakították. 1382-ben hozzá építették a Corpus Christi kápolnát, melyet aztán 1488 és 1493 között a jelenlegi, francia mintára létrehozott Szapolyai kápolnára cseréltek, melyben a névadó család síremlékei kaptak helyet (Szapolyai István (†1499) sírköve, itt nyugszik testvére, a felvidék ura, Imre is, a (†1487).
A székesegyház Leo Albus oroszlán kőplasztikája a maga nemében a legidősebb a Felvidéken – a 13. századból maradt fenn.
A templomban egy nagyon fontos falkép található: Mária megkoronázza a Károly Róbertet. Az 1850-es években megtalált 1317-ből származó falképet többször szakszerűtlenül restaurálták. Feliratai elmesélik azt, hogy kit is ábrázolnak: Bal oldalon Semsey Frank Tamás szepesi várkapitány, aki Károly Róbert király kardhordozója is volt, majd a maga Károyl Róbert fogadja a Mária által fejére tett koronát. Mária és a kis Jézus másik oldalán Tamás esztergomi érsek és Henrik szepeshelyi prépost. A falkép üzenet nyilvánvaló volt a kor emberének: Károly a legitim király folytatja Szent István „Mária országa” eszményét.
Főoltára 1470-ben készült, az épület regotizációja alatt azonban felújították. Mellékoltárai eredeti állapotukban maradtak fenn: Szent Mihály oltára 1470-ből, Szűz Mária elszenderedésének oltára 1477-ből, valamint a Három királyok térdre borulásának oltára 1490-ből. Ezek a több száz éves műalkotások máig megtekinthetőek a szepesi Szent Márton székesegyházban.
1553. márciusi meggyilkolása után a bazilikában temették el Mekcsey Istvánt, aki az egri vár 1552-es török ostroma idején másodkapitányként szolgált Dobó István mellett.
Az 1647-ben betelepült jezsuiták kolostort és gimnáziumot hoztak létre. 1662 és 1665 között ötszögű tornyokkal erősített védőfalat vontak a bazilika köré, mely ma is teljesen ép. 1776-ban püspöki székhellyé emelték. A kolostort 1810-től 1815-ig klasszicista stílusú szemináriummá alakították.
Az építményt 1873-1889 folyamán barokk stílusban alakították át, hogy a kor szokásához mérten középkori jelleget adjanak neki.