A református gyülekezet megalakulása a XVII. század első felére, vagy még korábbra tehető. 1634-35-ben a reformátusoknak már volt – saját költségükön épített – temploma, amelyet a pozsonyi klarisszák elvettek. A reformátusok az 1645-ős linzi béke után kapták vissza templomukat. Eleinte saját lelkésze nem volt a gyülekezetnek, közös lelkipásztora volt az ekecsiekkel. 1728-ban Csokonai Ferenc volt a gyülekezet lelkipásztora. Az egyházközség 1736-37-ben önállósult, azóta anyaegyházközség. Az önállósuláskor – rövid ideig – Gönczi Ferenc volt a gyülekezet lelkésze, majd a tudós teológust és kiváló szónokot – Valésius Antal János közeli munkatársát – Mikolai Ferencet választotta meg a gyülekezet. Egy időre alábbhagyott a felekezeti villongás. Amikor azonban Apácaszakállas az Esterházyak kezére jutott, ismét nehezebb helyzetbe kerültek a reformátusok, akik ekkor már többségben voltak a településen. 1725-ben már református tanítója is volt Apácaszakállasnak. Egy évszázaddal később a település 951 lakosa közül 900 református, a XX. század közepén pedig 641 lelkes volt a gyülekezet. A református elemi iskola a második világháború után szűnt meg.
A türelmi rendelet kiadását követően, az egyházközség, régi temploma helyén, a falu közepén építette fel új – mostani – templomát, Tóth János, akkori prédikátor krónikája szerint 1.300.000 téglából. A klasszicista stílusban épült, egyhajós templom felszentelésére 1784. adventjének első vasárnapján került sor. A dél-nyugat felé tekintő főhomlokzathoz hozzáépített, ötszintes torony 1804-ben készült el. Két harangja közül a kisebbik 1887-ben készült. A nagyobbikat az I. világháborúban elvitték, de a gyülekezet 1923-ban Brünnben új nagy harangot öntetett. A templom belsejét, a homlokzati és a dél-keleti falat, faragott és festett karzat, és az észak-nyugati falon ugyanilyen díszítésű faragott szószék ékesíti. A templom büszkesége a vörös márványból faragott úrasztal, amely 1870-ben készült. A karzatra épített Rieger típusú, 1 manuálos 7 regiszteres orgonája nem működik.
A templomban 1995-ben teljesen új tetőt és mennyezet készült. Ekkor állították helyre a karzat feliratát is. A legutóbbi felújítási munkálatok 2002-ben zajlottak, amikor a templom teljes belseje megújult. A talajt lebetonozták, a falakat szigetelték és új padok készültek a régiek mintájára. 2011-ben ablak- és ajtócserét végzett a gyülekezet, 2012-ben pedig teljes külső felújítás volt a templomon: toronysüveg-javítás és -festés, teljes külső vakolatcsere és festés.