Ipolykiskeszi nagyon régóta lakott hely. Neve törzsnévi eredetű, a település tehát a 10. században keletkezett. Első okleveles említése 1248-ból való. Korán magánföldesúri birtok lett, ám 1439-től az esztergomi káptalan birtoka.

Első temploma vagy a 12. század végén, vagy a 13. század elején épült körtemplom, építtetője a falu birtokosa, védőszentje Szent Mihály arkangyal. A körtemplomot erőd vette körül, melynek egy román kori tornya is volt. Az erőd kváderköveit később a hajó építésekor felhasználták. A körtemplom apszisa szokatlan módon négyszög alakú. Az apszis belső megoldása azonban ettől eltér: egy félkör alapú és egy négyszög alapú rakott boltozata van. A rotunda belsejében vakárkádos megoldást találunk, falában pedig három román kori résablakot, kettőt a déli, egyet a keleti oldalon. Az apszisban középkori freskók vannak, felirattal, erre később újabb vakolatréteg került a 18. században latin felirattal, mégpedig a rotunda és az apszis találkozásánál. Az eredeti freskó töredékén a geometriai díszítőelemeket ma is láthatunk.

A 18. század végén a rotunda nyugati oldalához hosszanti irányban hajót építettek hozzá, melynek nyugati falához kapcsolták az eredetileg ott álló tornyot. A torony alsó része megmaradhatott, erre a karzat félköríves boltívei közvetve utalnak. A torony felső részét klasszicista stílusban átalakították.

Az eredeti román kori rotunda ma a templom szentélye, apszisa pedig sekrestyeként szolgál.