A terület, ahol a későbbi település létrejött, a Hont-Pázmány nemzetség tulajdonában volt. Első okleveles említése 1266-ból való, de a Szent Egyed-templomot már 1254-ben említik. A település neve is a templom patrocíniumából származik Szentegyüd alakban, bár Szentilia néven is említik. Az Ilija név magyar változata, az Illés csak a 19. századtól használatos.

Az első templomépületet a bencések emelték még a 12. században, akik itt remete életmódot folytattak, és Szent Egyednek szentelték, aki a remeték védőszentje is volt. Ennek az első templomnak a szentélye nyújtott félköríves záródású volt, ezt az alakját máig őrzi. A téglalap alapú hajó nyugati homlokzatán van az egyik legszebb román kori portálé. A béllet három oszlop mélységű, a bal oldalán már csak két oszlop van. Az ívmező három ívkaréjos, akárcsak a csütörtöki templomé, ez francia-német hatásra utal. Föltételezhetően a 13. század 40-es éveiben készült. A portáli bal és jobb oldala a díszítésben is különbözik: az előbbi leveles és figurális díszítésű, az utóbbi kehely formájú. A nyugati homlokzathoz a 18. század végén egy tornyot építettek, így a portálé ma a torony alatt van. A szentély falán egy román rézsűs ablakot bontottak ki.

A félköríves diadalíven az ószövetségi próféták láthatók és egy püspök kép az illuzórikus árkád alatt. A hajó északi falán egy freskótöredék van, melyen egy püspök és Szűz Mária a Kisjézussal fölismerhető. Ezek a festmények a 14. század közepén készültek. A diadalív előtt látható egy faragott és festett Pieta a 16. századból.