Mednyánszky Ede és Szirmai Mária Anna lánya, a festőművész László húga. Beczkón született, gyerekkorát itt és a nagyőri kastélyban töltötte. Visszaemlékezéseiben mindig nagy szeretettel ír erről, a szeretett bátyjával töltött időszakról.
Amikor atyjuk meghal (1895), László (aki az anyagiakkal nem tudott bánni, s nem is nagyon érdekelték az ilyesféle földi hívságok) a nagyőri birtokot húgára íratja. De továbbra is tarja a kapcsolatot Margittal (ahogy a családban nevezik: Mirivel), évente több hetet tölt a kastélyban, ahol külön műtermet alakítanak ki neki.
Margit Czóbel István irodalmár, filozófushoz megy feleségül. Nagyőri kastélyukban igazi irodalmi szalont tartanak fenn, rengeteg művész, író festő megfordul náluk. Jó barátságban volt Czóbel Minkával, a neves költőnővel, István húgával. Ő ismerteti össze Mednyánszky Lászlóval, igaz jó barátok lesznek.
Mednyánszky Margitnak és férjének két lánya és egy fia született. Az idősebbik leány Mária Anna fiatalon, 39 évesen hunyt el tüdőbajban, István fiuk 1916-ban tűnt el az I. világháború egyik frontján. Margit lányuk (Czóbel Margit bárónő) egészen az 1970-es években bekövetkezett haláláig Nagyőrött élt. A helyiek őrá is, szüleire is nagy szeretettel emlékeznek a mai napig. Ő festette meg édesanyja portréit.