Czékus István 1818. december 22-én született Gömörpanyiton, nemes, de szegény sorsú szülőktől, (apja Czékus Márton, anyja Bacsó Erzsébet) akik igyekeztek a tanulási kedvet felkelteni és táplálni fiukban. Atyja kimondhatatlan örömére ebben nem volt hiány, s a szorgalmas fiú, már a panyiti falusi iskolában is kitűnt. Emellett karénekesi szolgálatával megszerezte ruhácskáját is. A rozsnyói gimnáziumba szintén karénekesnek íratta magát és szüleitől a fehér ruhával való ellátáson kívül semmi segélyt nem nyerve, végezte el gimnáziumi tanulmányait. A bölcsészeti tanfolyamot kitűnő sikerrel Lőcsén végezte. Innen Pozsonyba ment a hittan tanulására, hogy a lelkészi pályára felkészülhessen. Szorgalma, tehetsége, komolysága iskolatársai s tanárai bizalmát egyaránt megszerezték neki, s a protestáns főiskolákon dívott szokás szerint magántanitással bízták meg. Ebből elég jövedelme volt, hogy magát fenntarthassa. Emellett ösztöndíjakat nyert. Megválasztották az önképzőkör titkárának, és iskolai seniornak.
A hitjelölti vizsgát 1843-ban Pozsonyban tette le. Ezután pár évig még Pesten nevelői állást foglalt el, s magát a folytonos tanulmányok által továbbképezte. Innen a tübingai egyetemre ment, ahol egy évet töltött. Visszatérte után Pesten a már akkor nagyhírű egyházi szónok Székács oldalán káplánként alkalmazták. Így sajátította el a papi gyakorlat és pásztorkodás tudományát.
Hamarosan a megüresedő váci egyház első lelkészéül választották. Vácott két és fél évig lelkész és tanitó egy személyben, s hívei áldásaitól kísérve ment át Kecskemétre, ahol öt évet töltött. Ő a kecskeméti egyház templomának tulajdonképpeni alapítója. Az elemi iskolában hetenként négy órán önként tanított (emellett a helvét. hitvallású főgimnáziumban mint rendkívüli tanár a német nyelvet adta elő) Egyháza és iskolája életében egy új korszak kezdeményezője volt.
Kecskemétről 1855-ben Sajógömörre, 1858-ban Dobsinára, 1859-ben Rozsnyóra költözött. Szülőmegyéje legnépesebb s legvirágzóbb egyházai versenyeztek érte.
Munkásságával, ékesszólásával, szeretetével s buzgóságával mindenütt életet öntött híveibe.
Sajógömörön, és a hozzátartozó lökösházi leányegyházban magtárakat alapított, (hogy a nép ínség idején olcsó, vagy ingyen vetőmaghoz s eleséghez jusson) amelyek az egyház és iskola javára szépen jövedelmeztek. Dobsinán lelkipásztor teendői mellett a tanítói tisztet is ellátta. Rozsnyón felvirágoztatta az egyház gazdasági mutatóit: a hívek áldozatkész buzgóságát oly mértékben kamatoztatta, hogy néhány évi működése után az egyház háromszáz köböl gabonát tartalmazó magtárral és közel 5000 Ft tőkével rendelkezett.
1860-ban a szegény egyházak fölsegélésére egyházi, és női gyámintézetet létesített, mely utóbbi az első volt hazánkban; 1861-ben buzgó adományok gyűjtésével felújíttatta a rozsnyói templomot; 1863-ban felvetette a főgimnázium végleges kiépítése eszméjét. Fáradhatatlan buzgólkodásával oly lendületet adott e tevékenységnek, hogy több mint 6000 Ft gyűlt össze, így terve megvalósulhatott.
1866-ban két jótékony temetkezési társulatot léptetett életbe Rozsnyón – hitfelekezeti különbség nélkül.
1868-ban a városi óvoda létesítésén fáradozott házról-házra járva segélyért, így az óvoda is megszületett.
Czékus buzgó s lelkes működését nem csak azokban a gyülekezetekben ismerték el, melyekben szolgált, de más egyházak is elismeréssel kísérték. Bizalmukat azzal fejezték ki, hogy az egyházi kormányzat körében mind nagyobb és nagyobb hatáskörrel ruházták föl. Pest megyében mint fiatal lelkész egyházmegyei aljegyzőséget viselt. Gömörben először iskolafelügyet körlelkésszé, 1860-ban gömöri alesperessé, ugyanakkor a tiszai egyházkerület főjegyzőjévé választották.
1863-ban Tisza-kerületi lelkésztanár és tanítói-özvegy, és árva-gyámintézet létesítését indítványozta. Alapszabályait az ő indítványa alapján fogadta el az egyházkerület, és miután 1866 január elsejétől ez az alapszabály életbe lépett, pénztárnoksága öt éve alatt, részvények-, befizetett díjak és buzgó adományok által közel hatvanezer Ft összegre szaporodott.
Főesperessége ideje alatt a gömöri egyházmegyében külön lelkészi magtárt is létesített Dobsinán. A gömöri egyházmegyében leginkább szított pátensi mozgalmak lecsillapításában, a felizgatott kedélyek megnyugtatásában Szentiványi Miklós és Szontágh Pál felügyelőkkel együtt neki van legtöbb érdeme.
Figyelmét el nem kerülik a fíliák sem, ezekben új iskolákat épít, régieket javít, bővít, tanitók javadalmazásáról gondoskodik.
Egyház-irodalmi téren, mint a “Protestáns egyházi s iskolai lapok” egyik tevékeny munkatársa, az egész evangélikus egyházban (magyar, német s tót nyelven) elterjedt hitoktatási kézi-könyv szerzője, valamint gyűjteményekben közrebocsátott jeles egyházi beszédei által is általános elismerést nyert. A tiszai egyházkerület nagy többséggel választotta superintendensévé.
Püspökként felkarolta a nyíregyházai tanitóképző-intézet ügyét. Az eperjesi hittanintézetnek, melyet 4 évessé fejlesztett 2 tanár helyett 4 rendes tanárral, a semmiből 30 000 forinton felül rúgó alapot gyűjtött.
1850-ben nősült, felesége Bauhofer Vilma. (Bauhofer Vilma ((eredetileg Luise Wilhelmine néven keresztelve 1830-ban Sopronban)) gyakran megfordult Mária Dorottya főhercegnő udvarában. 1850-ben Budaváron volt esküvője Czékus Istvánnal. Bauhofer Vilma, aki 1911-ben halt meg.) A házaspárnak 9 gyermeke született, Túróczy Zoltán püspök az ő unokájuk.
A budavári gyülekezet levéltára őriz egy Czékus-hagyaték c. dossziét, melyben több értékes fénykép, anyakönyvi kivonat, gyászjelentés van Bauhofer Vilma és Czékus István családjára vonatkozólag.
Művei:
A benareszi árvaház. Németből ford. Rozsnyó, 1866.
Képek a pogányvilágból. Németből ford. Pest, 1869.
A keresztények üldöztetése Madagaskar szigetén. Zaremba után ford. U. ott, 1869.
Isten működése a déli tenger szigetein. Németből ford. U. ott, 1869.
Confirmatiói tanítás ág. ev. hitv. gyermekek számára. Rozsnyó, 1870. (Két kiadás.)
Szent beszéd a gömöri 51-ik honvédzászlóalj zászlajának felszentelése alkalmával 1876. szept. 10. Jolsva városában. U. ott, 1877.
Afrikai rablófőnök megtérítésének története. Németből ford. Bpest, 1878.
Szent beszéd, melyet a II. József császár által 1781-ik október 25-én kiadott türelmi parancs százéves napja emlékére 1881. okt. 30. a rozsnyói egyházban tartott. Rozsnyó, 1881.
Ezeken kívül több alkalmi és egyéb beszéde jelent meg; a konfirmációi oktatáshoz írott vezérfonala magyar és német nyelven több kiadást ért meg, és azt szlovák nyelvre is lefordították.
Cikkeket írt a Protestáns Népkönyvtárba (1857. Mária Dorottya főh. életrajza), Lelki Kincstárba (1860. A Gusztáv Adolf egylet), Különféle Papi Dolgozatokba (1860. II. III.) Prot. Naptárba (1861. Szontagh Sámuel életrajza), Házi Kincstárba (1862. Szontagh Lajos életrajza s Tudósítás s egyszersmind szózat a prot. nőkhöz). 1858-tól számos cikket írt a Protestáns Egyházi és Iskolai Lapokba, melynek kiváló munkatársa volt.