A helység neve a Boldogasszonyfalva szó rövidülésével keletkezett. A XVI. századig élt településnév – amint szlovák megfelelője, Matka Bozia és későbbi német változata, Frauendorf is – a falu ősi Nagyboldogasszony-templomára utal. Egy 660 éve, 1343. május 1-jén a pozsonyi káptalan előtt hitelesített záloglevélben szerepel először a „Szűz Mária tiszteletére emelt kőtemplom”. Keletkezése 1276 körülre tehető, amikor a terület birtokosa, egyben a falu kegyura, Tolvaji Jakab plébánia alapítására szánta el magát. Az első templom nyugati oldalának két pilléren nyugvó karzata e mecenatúra máig látható bizonyítéka. A jellegzetesen XIII. századi falusi egyház hosszúkás hajójához kicsiny, félköríves szentély kapcsolódott. A bejárat a déli oldalon nyílt, fölötte három román stílusú tölcsérablak bocsátotta be a fényt. A karzatot tartó oszlopok gondoskodtak a homlokzat fölé magasodó négyszögletes torony alátámasztásáról is. A tornyon látható kettős és hármas ikerablakok az 1200-as évek tipikus formajegyeit viselik magukon.
A téglából és – másodlagosan felhasznált – faragott kőből épült Árpád-kori templomot a következő évszázadban bővítették. A falu 1358-ban az óbudai klarissza apácák tulajdonába került; hamarosan Boldogasszonyfalva lett a ferencesek női rendjének Pozsony megyei birtokközpontja. A templom hajóját az 1360-as években kelet felé meghosszabbították, és a diadalíven túl azonos szélességű, sokszögű szentéllyel zárták le. Az új épületszakaszt az 1400-as években beboltozták. A tekintélyes falvastagság nem tette szükségessé külső támpillérek melléfalazását. Az egyszerű szerkesztésű hálóboltozat faragott gyámköveinek címerpajzs formája a XV. század utolsó évtizedére, Jagelló-házi uralkodóink korára jellemző.
1605-ben Bocskai Pozsony ellen vonuló hada elfoglalta, majd felgyújtotta a fallal kerített, a szenci katolikus polgárok által fegyverrel védelmezett boldogfai plébániatemplomot. A kárt hat év alatt kijavították, de a Bethlen Gábor-féle újabb háború során – 1619 és 1621 között – az épület megint megrongálódott. A közben kálvinista hitre áttért szenciek nem renoválták, az építőanyagának javát elhordták. Restaurálására 1706 után került sor, amikor a katolikusok visszakapták a községet. A munkálatok költségét a pozsonyi Szent Klára-apácarend fedezte.
1963-ig a műemlékes szakma számára is ismeretlen volt a boldogfai templom. Az akkor megkezdett régészeti kutatás során feltárultak a vakolatrétegek alatt lappangó, minden építészeti korszakot átfogó részletek. Előkerült a déli fal román kori kapuzata, félkörtimpanonjában egy különösen szép rajzú, faragott kőkereszttel; majd a falszövetből kirajzolódott egy római kori sírkápolna. A hétszer hét méteres pogány szentély kvádereinek nagy részét felhasználták a XIII. századi templom építéséhez. Egy helyben talált feliratos kőtábla tanúsága szerint az antik építmény Quintus Atilius és családja temetkezési helye volt a II. század közepén.

Q ATILIVS
SP.F.VOT.PRI
MVS.INTER R EX
LEG XV.IDEM.
NEGOTIATOR.AN
LXXX. H S E
Q.ATILIVS COCIA
TUS.ATILIA Q L EAV
STA.PRIVATUS.ET
MARTIALIS.HERED
P
L

Dr. Kolník Titus fordítása szerint:
Quintus Atilius Primus a Voturia törzsbeli Spurius fia a XV. légió tolmácsa, partvédők közt százados, nagykereskedő, 80 éves korában itt helyezték nyugalomra. Quintus Atilius Cogitatus, Atiliával, Quintusz felszabadítottjával élő lelkének tiszteletére.
Ez a lelet azért is különleges, mert a legrébbi írásos leletnek minősül Szlovákiában. A tartalma egyedüli értékű a Szlovákiai történelemre a Krisztus utáni első századra tekintve.
A sírkövet az első század kilencvenes éveiben építették, vagy legkésőbb a Krisztus utáni második század harmincas éveiben. Ezek az adatok onnan ismertek, mert a légiók melyben Q. Atilius szolgált kétszer is állomásoztak Carnut és környékén, tehát a mai Pozsony környékén (a 70-138-as években). Ennek alapján e körül az évek körül élt és halt meg a tulajdonosa.