Apja, Heckenast Mihály a kassai német evangélikusok lelkésze volt. Iskolai tanulmányait Eperjesen végezte, de a család rossz anyagi helyzete miatt tanulmányait félbe kellett szakítania. Ezután fűszerkereskedelemmel foglalkozott. 1826-ban Pestre ment, és Wigand Ottó könyvkereskedőnél helyezkedett el. 1832-ben, miután Wigand Ottó Lipcsébe költözött, az üzletet megvásárolta. Váci utcai üzletét az 1838-as nagy pesti árvíz szinte teljesen elpusztította. Az újranyitást magyar írók segítették, a Budapesti árvízkönyv című kiadvány jövedelmével. Külföldi kollégái is elengedték a tartozásait. 1838-ban nyitotta meg kölcsönkönyvtárát 8000 kötettel. 1840-ben társult Landerer Lajos nyomdásszal (a cég nevét ezzel Landerer és Heckenastra változtatva), megindította Bibliographiai Értesítőt, az első havonta megjelenő, magyar nyelvű könyvvel foglalkozó folyóiratot. A lap 1842-ben megszűnt.
“Landerer és Heckenast uraknak minden mértéket meghaladó szennyes piszkosságát tovább tűrnöm lehetetlen. Dolgozom, mint a barom, kérkedés nélkül mondhatom, lelke, fenntartója vagyok a Pesti Hírlapnak… Sok ember mondotta már, hogy valósággal bolond vagyok az ő igavonó marhájuk lenni, s az örökös munkával, örökös bosszúsággal életemet, egészségemet érettük felemészteni…” – Kossuth Lajos
1848. március 15-én az ő nyomdájában nyomtatták ki a Nemzeti dalt és a Tizenkét pontot. Már előző este értesült arról, hogy mire készülnek Petőfiék. Heckenast nem ment aznap a nyomdába. Nem tudni biztosan, hogy politikai meggyőződés, vagy az üzletet féltő óvatosság húzódott mögötte. Landerernek 1849-ben bujdosnia kellett, és visszatérte után sem vehetett részt a cég irányításában, Heckenast egyedül vezette. Landerer 1854-ben meghalt, a nyomda Heckenast tulajdonába ment át. 1854-ben házasságot kötött Bajza Lenke írónővel, Bajza József költő lányával, akitől később elvált.
Kiadványainak nagy része magyar írók, költők műve volt, az ő nyomdájában jelentek meg többek között Berzsenyi Dániel, Csokonai Vitéz Mihály, Kisfaludy Károly, Kölcsey Ferenc, Vajda János, Jókai Mór, Jósika Miklós írásai. Elsőként adott ki gyűjteményes sorozatot (Magyar Remekírók). Alapítója volt a Vasárnapi Ujságnak. Vállalata 1873-ban beolvadt az akkor alakult Franklin Társulatba. A II. világháborúig ez a cég volt Magyarország egyik legjelentősebb kiadója illetve nyomdaüzeme.1948-ban államosították, kiadói tevékenységét a Szépirodalmi Könyvkiadó vette át.
Heckenast Gusztáv 1873-ban Pozsonyban telepedett le, itt is halt meg 1878. április 10-én.
1986-ban, Heckenast Gusztáv születésének 175. évfordulóján tettek a Kecske utcai temetőkápolna falára emléktáblát (sírja mellé), magyar és szlovák nyelvű szöveggel: „könyvkiadó, könyvkereskedő, magyar, német és szlovák nyelvű művek, hírlapok folyóiratok terjesztője, a közép-európai könyvkultúra egyik megalapítója és fáradhatatlan munkása”.